ஆதிசேஷனுக்கும் வாயுவுக்கும் இடையே நடந்த போட்டியின் போது, மேரு மலையின் துண்டு ஒன்று இங்கு வந்து இறங்கியதால், அது இந்த மலையாக கருதப்படுகிறது. வேதாரண்யம் மற்றும் பிற கோயில்களில் சிவபெருமானை வழிபட்ட பிறகு, சம்பந்தர் இங்கு வந்தார். லிங்கம் போன்ற வடிவில் உள்ள மலையைப் பார்த்து, அவர் அதை எம்பிரான்-மலை என்று அழைத்தார், அது இப்போது பிரன்மலையாக மாறிவிட்டது.

ஒரு காலத்தில் வாணாசுரன் என்ற சிவபக்தன் இருந்தான். சில சூழ்நிலைகளால், சிவபெருமான் வாணாசுரன் சார்பாக, விஷ்ணுவுக்கு எதிராக போரிட வேண்டியிருந்தது. மகாவிஷ்ணு குளிர் (காய்ச்சல்) வடிவில் ஆயுதம் ஒன்றை வெளியிட்டார். மூன்று தலைகள், நான்கு கைகள், ஒன்பது கண்கள் மற்றும் மூன்று கால்கள் (ஜ்வர பக்ன மூர்த்தி என்று அழைக்கப்படும்) கொண்ட சிவபெருமான் வெளியேற்றிய காய்ச்சலால் தி தோற்கடிக்கப்பட்டார். இக்கோயில் உட்பட குறிப்பிட்ட சில கோயில்களில் மட்டுமே இந்த மூர்த்தி இருப்பதாகக் கூறப்படுகிறது, மேலும் இந்த மூர்த்தியை ஒரு முறை வணங்கினால் மோசமான நோய்கள் குணமாகும் என்று கூறப்படுகிறது.

இக்கோயில் மூன்று நிலைகளைக் கொண்டுள்ளது, அவை பாதாளம், பூலோகம் மற்றும் கைலாசம் என்று கருதப்படுகிறது. அடித்தளம்/தரை மட்டத்தில் கொண்டுங்குன்றநாதர், குயிலமுதநாயகி அவரது துணைவியார். அடுத்த நிலையில், இறைவன் விஸ்வநாதராக, விசாலாக்ஷி அம்மனுடன் இருக்கிறார் (இதுவும் சிவபெருமானின் பைரவர் அம்சமாக கருதப்படுகிறது). இறுதியாக, உச்சியில் மங்கைபாகர், பார்வதியுடன் கல்யாண கோலத்தில் இருக்கிறார்.

பூமியை சமன் செய்ய தெற்கு நோக்கி வருமாறு கேட்டுக் கொள்ளப்பட்டதால், சிவபெருமான் மற்றும் பார்வதியின் திருமணத்தை அகஸ்தியர் தவறவிட்டார். அதற்குப் பரிகாரமாக, சிவபெருமானையும் பார்வதியையும் திருமண அலங்காரத்திலும், கோலத்திலும், எப்போது வேண்டுமானாலும், எங்கு வேண்டுமானாலும் தரிசிக்கும் வரம் அவருக்கு வழங்கப்பட்டதாகக் கூறப்படுகிறது. அப்படிப்பட்ட ஒரு இடம்தான் பிரன்மலை.

மங்கைபாகரின் மூர்த்தி மூலிகைகளால் ஆனது என்று கூறப்படுகிறது, எனவே அதற்கு அபிஷேகம் நடத்தப்படுவதில்லை. வெள்ளிக்கிழமைகளில் புனுகு எண்ணெய் மட்டுமே வழங்கப்படுகிறது. மங்கைபாகர் சன்னதியில் உள்ள சிவன் மற்றும் பார்வதி மூர்த்திகள் ஒவ்வொரு நாளும் புதிய ஆடைகளால் அலங்கரிக்கப்படுகிறார்கள்! நான்கு வேதங்களையும் கையில் ஏந்தியிருப்பதால், மங்கைபாகர் வேத சிவன் என்றும் அழைக்கப்படுகிறார். இந்த இடம் தேன் கைலாயம் என்றும் அழைக்கப்படுகிறது.

இந்த கோவிலில் நந்தி இல்லை. சிவபெருமானின் திருமணத்தில் மேளம் வாசிப்பதில் மும்முரமாக இருந்ததால் அவர் காணவில்லை என்பது புராணக்கதை!

பத்மாசுரனை வதம் செய்த தோஷம் முருகனுக்கு ஏற்பட்டதால், இங்கு இரண்டு லிங்கங்களை (சொக்கலிங்கம் மற்றும் ராமலிங்கம்) நிறுவினார்.

அருணகிரிநாதர் தனது திருப்புகழ் நூலில் இக்கோயிலைப் பற்றிப் பாடியுள்ளார். அவர் பாடிய பிறகு முருகன் தோன்றி அவரது பாடல்களுக்கு நடனமாடியதாக கூறப்படுகிறது.

சுந்தரபாண்டியன் திருமடத்தில் என்று அழைக்கப்படும் கோயிலைச் சுற்றி பெரிய மதில் சுவர் எழுப்பப்பட்டுள்ளது.

கோவில் குளத்தில் நீராடி, இக்கோயிலில் உள்ள மூன்று சந்நிதிகளிலும் இறைவனை வழிபட்டால், அனைத்து நோய்களும் நீங்கும் என்பது நம்பிக்கை. மேலும் ஒருவரின் விருப்பங்கள் அனைத்தும் நிறைவேறும்.