செங்கனூர் என்பது சண்டேச நாயனாரின் அவதார ஸ்தலமாகும், அவர் சண்டிகேஸ்வரராக உயர்ந்தார், அவர் சிவன் கோயில்களின் கர்ப்பக்கிரகத்தின் வடக்குப் பக்கத்தில் எப்போதும் காணப்படுகிறார். இத்தலம் – திருவாய்ப்பாடி – சண்டேச நாயனாரின் முக்தி ஸ்தலமாகக் கருதப்படுகிறது.இந்த கோவிலின் புராணம் செங்கனூர் கோவிலுடன் நெருக்கமாக இணைக்கப்பட்டுள்ளது. ஆடு மேய்க்கும் விசாரா சர்மா, தினமும் பால் எடுத்துச் செல்வது வழக்கம். ஒவ்வொரு நாளும், அவர் ஒரு குறிப்பிட்ட இடத்தில் நழுவி, சிறிது பாலை ஊற்றுவார். ஏன் இப்படி என்று யோசித்த அப்பகுதி கிராம மக்கள் அவர் பால் ஊற்றும் இடத்தை தோண்டி எடுத்தனர். அப்படிச் செய்யும்போது, ரத்தம் கசிவதைக் அவர்கள் பார்த்தார்கள். அங்கு இருந்து சிவலிங்கம் ஒன்று வெளிப்பட்டது. கிராம மக்கள் இங்கு ஒரு முறையான கோவிலாக லிங்கத்தை பிரதிஷ்டை செய்து, தொடர்ந்து பாலுடன் வழிபடுகிறார்கள், அதை இறைவன் உட்கொள்ளுவார் – எனவே அவர் பால் உகந்த நாதர் (பால் குடித்த இறைவன்) என்று அழைக்கப்படுகிறார். விசார சர்மா தனது மாடுகளை இங்கு மேய்த்ததால், இந்த இடம் ஆ-ஆப்பாடி என்று அழைக்கப்பட்டது, இது திருவாய்ப்பாடி வரை சிதைந்துவிட்டது.

இக்கோயிலில் கர்ப்பகிரஹத்திற்கு வடக்கே சண்டிகேஸ்வரர் சன்னதி தவிர, பிரதான கர்ப்பகிரஹத்திலும் சண்டிகேஸ்வரர் இருக்கிறார். அவருக்கு தினமும் சிவனுக்குப் பிறகும், அம்பாளின் பூஜைக்கு முன்பும் பூஜை பெறுகிறது.

மூலக்கோயில் 3000 ஆண்டுகளுக்கு மேல் பழமையானது என்று கூறப்படுகிறது. கோவிலின் கட்டமைப்பு பகுதி சோழர் காலத்தைச் சேர்ந்தது, மேலும் வவ்வால்-நேத்தி மண்டபம் என்று அழைக்கப்படும் ஒரு தனித்துவமான கட்டிடக்கலை அம்சத்தை கொண்டுள்ளது.

தினமும் காலை மற்றும் மாலை இரண்டு மணி நேரம் மட்டுமே கோயில் திறந்திருக்கும், எனவே ஒருவரின் வருகையைத் திட்டமிடுவது நல்லது. இருப்பினும், திருவெள்ளியங்குடியில் உள்ள கோலவில்லி ராமர், செங்கனூரில் சத்திய கிரீஸ்வரர் மற்றும் திருப்பனந்தலில் உள்ள அருணா ஜடேஸ்வரர் உள்ளிட்ட கோயில்களுக்கு அருகில் நேரத்தை செலவிடுவதற்கு பஞ்சமில்லை.