செங்கனூர் என்பது சண்டேச நாயனாரின் அவதார ஸ்தலமாகும், அவர் சண்டிகேஸ்வரராக உயர்ந்தார், அவர் சிவன் கோயில்களின் கர்ப்பக்கிரகத்தின் வடக்குப் பக்கத்தில் எப்போதும் காணப்படுகிறார். சண்டேசர் சிவனின் சொத்துக்களுக்கு பாதுகாவலரும் கூட, அதனால்தான் சண்டேசரின் முன் கைகளைத் துடைப்பது வழிபாட்டு முறை, நாங்கள் பக்தர்களாக இருப்பதைக் குறிக்க, கோயிலில் இருந்து எதையும் எடுத்துச் செல்லவில்லை! அருகிலுள்ள திருவாய்ப்பாடி சண்டேச நாயனாரின் முக்தி ஸ்தலமாகக் கருதப்படுகிறது.

தீவிர சிவபக்தரான விசார சர்மா, எச்சா தத்தன் மற்றும் பவித்ரை என்ற பிராமண தம்பதியினரின் மகன். ஒரு நாள், ஒரு மாடு மேய்ப்பவர் ஒரு கன்றுக்குட்டியை அடிப்பதைப் பார்த்ததும், அவர் தலையிட்டார், அதன் விளைவாக, கிராமத்தின் பிராமணர்களுக்குச் சொந்தமான பசுக்களைப் பராமரிக்கத் தொடங்கினார். மண்ணியாறு ஆற்றின் மணலைக் கொண்டு லிங்கத்தின் பூஜைக்கு அவர்களின் பாலில் சிலவற்றைப் பயன்படுத்துவார். மீதமுள்ள பால் பிராமணர்களுக்கு போதுமானதாக இருந்தபோதிலும், அவர்கள் புகார் செய்தனர். அவரது தந்தை உண்மையைக் கண்டறிய விரும்பினார், மேலும் விசாரா சர்மா தனது பூஜையைச் செய்யும்போது அவரைச் சந்தித்தார். அவர் பார்த்ததைக் கண்டு கோபமடைந்த அவர், விசாரா சர்மாவை அடித்து, மணல் லிங்கத்தை உதைத்தார். வழிபாட்டில் ஆழ்ந்திருந்த விசாரா சர்மா இதை யார் செய்கிறார்கள் என்று பார்க்காமல், மாடுகளை மேய்க்கும்போது பயன்படுத்திய குச்சியை எடுத்து தாக்கினார். அந்தக் குச்சி கோடாரியாக மாறியது, தன் தந்தையைக் கூட கணக்கில் கொள்ளாமல், விசார சர்மா தன் தந்தையின் கால்களை வெட்டினான். ஒரு பக்தராக அவர் செய்த செயல்களால் மகிழ்ந்த சிவன், அவரைத் தழுவி, அவருக்கு சண்டிகேஸ்வரர் என்ற பட்டத்தை அளித்தார், மேலும் அவரது தந்தையின் கால்களையும் மீட்டார். சிவபெருமான் சண்டேசருக்கு பிரத்யக்ஷம் கொடுத்ததால், பிந்தையவர் சிவனைப் போலவே – பிறை, காதணிகள், மெட்டி முடி மற்றும் கங்கை நதியால் அலங்கரிக்கப்பட்டுள்ளார்.

வாயுவுடனான வலிமைப் போரில், ஆதிசேஷன் மேரு மலையைச் சுற்றி தன்னைத்தானே காயப்படுத்திக் கொண்டார், அதே நேரத்தில் வாயு மலையை வீச முயன்றார். இந்த இடத்தில் ஒரு துண்டு உடைந்து விழுந்தது.

பிரணவ மந்திரத்தின் அர்த்தம் தெரியாததால் முருகன் பிரம்மாவை சிறையில் அடைத்தார். இதனால் கோபமடைந்த சிவபெருமான் முருகனிடம் இதைப் பற்றிக் கேட்டார், ஆனால் முருகன், சிவபெருமான் தன் சிஷ்யனானால் மட்டுமே அதைச் செய்ய முடியும் என்று கூறினார் (பின்னர், சுவாமிமலையில், சிவபெருமான் முருகனிடம் பிரணவ மந்திரத்தின் அர்த்தத்தைக் கேட்டார்). இதனால் முருகன் பேசும் சக்தியை இழந்தார். இதை முறியடிக்க, செங்கனூரில் இந்தக் கோயிலைக் கட்டினார். இது எப்படி நடந்தது, அவரது பேச்சு எப்படி திரும்ப கிடைத்தது, திருப்பந்துறை சிவானந்தீஸ்வரர் கோவிலுடனான தொடர்பு ஆகியவை இங்கே.

சூரபத்மனுடன் போருக்குச் செல்லும் வழியில், முருகன் இங்கு வழிபட்டு சிவபெருமானிடம் இருந்து ருத்ரபாசுபத ஆயுதத்தைப் பெற்றார். அந்த நேரத்தில், தேவர்களின் கட்டிடக் கலைஞரான தக்ஷா இந்த இடத்தை நகரமாக்கினார். முருகன் இங்கு வந்ததால், இந்த இடம் குமாரபுரம் என்று அழைக்கப்பட்டது, இதன் தற்போதைய பெயர் சேய்-நல்லூர். இக்கோயிலில் முருகனுக்கு தனி பெரிய சந்நிதி உள்ளது. அருகில் உள்ள மண்ணியாறு நதியே சுப்ரமணிய ஆறிலிருந்து அதன் பெயரைப் பெற்றதாகக் கூறப்படுகிறது.

தமிழ்நாட்டில் உள்ள சிவாலயங்களின் எண்ணிக்கையைப் பொறுத்தவரை, தெய்வங்களின் பெயர்களைத் திரும்பத் திரும்பச் சொல்லும் வாய்ப்பு மிகவும் பொதுவானது. ஆனால், இந்த இடத்தில்தான் பார்வதிக்கு சகிதேவி என்ற பெயர் உள்ளது.

ஒரு சோழ மன்னன் தன் நாட்டு மக்களுக்கு தினமும் 300 பேருக்கு நிலத்தை தானமாக அளித்து வந்தான். ஒரு நாள், ஒரு பெறுநர் குறைவாக இருந்தார், எனவே சிவபெருமான் காணாமற்போனவரின் வடிவம் எடுத்து, நிலத்தைப் பெற்று, கிராமத்தில் உள்ள வீடுகளில் ஒன்றுக்குச் சென்றார். பின்னர், நிலத்தைப் பெற்றுக் கொண்டு அந்த நபர் நுழைந்த வீட்டில் யாரும் இல்லை என்று ராஜாவுக்குத் தெரிவிக்கப்பட்டது, எனவே உண்மைகளை சரிபார்க்க ராஜாவே வீட்டிற்குச் சென்றார். அங்கு சிவனை சிற்ப வடிவில் கண்டு மோட்சம் பெற்றார்.சோழர் காலத்தில், செங்கனூர் பேரரசின் 5 முக்கிய நகரங்களில் ஒன்றாகக் கருதப்பட்டது, மேலும் இங்கு முடிசூட்டு விழாக்கள் அவ்வப்போது நடைபெறும்.

இக்கோயிலில் அருணகிரிநாதர் தனது திருப்புகழ் நூலில் முருகனைப் பற்றிப் பாடியுள்ளார்.

இது ஒரு சோழர்காலக் கோயிலாக இருந்தாலும், வழக்கமான கட்டிடக்கலை மற்றும் சிற்பக்கலைகளுடன் இது வரவில்லை. இந்த கோயிலில் சில சுவாரஸ்யமான அம்சங்கள் உள்ளன, மகா மண்டபத்தில் கல்லால் செய்யப்பட்ட பைரவர் மூர்த்தி, தட்டும்போது உலோக ஒலியை வெளியிடுகிறது. கோச்செங்க சோழன் கட்டிய மாடக்கோயில்களில் இதுவும் ஒன்று.