பெரம்பூர் என்ற இடத்தில் அமைந்துள்ள வைப்பு ஸ்தலம் இதுதா அல்லது மயிலாடுதுறைக்கு அருகில் உள்ள வேறு ஜம்புகேஸ்வரர் கோயிலா என்ற குழப்பம் நிலவுகிறது.

பல நூற்றாண்டுகளாக மூங்கில் காடாக இருந்ததால் பெரம்பூர் என்று பெயர் பெற்றது.

இந்த கோவிலுக்கு தனி ஸ்தல புராணம் இல்லை என்றாலும், அதன் வரலாறு மிகவும் சுவாரஸ்யமானது. இக்கோயில் மூன்றாம் குலோத்துங்க சோழன் ஆட்சியின் போது, 12 ஆம் நூற்றாண்டின் பிற்பகுதியில் கட்டப்பட்டது. இங்கு இறைவனுக்குப் பெயர் சூட்டப்பட்டது அவரது இஷ்ட தெய்வமான திருவானைக்கா ஜம்புகேஸ்வரரை அடிப்படையாகக் கொண்டது. தனது திருமணத்தின் போது ஏராளமான நிலங்களைப் பரிசாகப் பெற்ற அவர், அருகிலுள்ள ரிஷியூரில் அமைந்துள்ள 4 வேலி நிலத்தையும் (1 பள்ளத்தாக்கு = 6.5 ஏக்கர்) கோயிலுக்கும், மேலும் இரண்டு வேலியையும் அந்தப் பகுதியில் வசிக்கும் பிராமணர்களுக்கு நன்கொடையாக வழங்கினார். இன்றைய அக்ரஹாரம் இந்த நிலத்தில் அமைந்திருக்கலாம்.

காஞ்சி மடத்தின் 59வது பீடாதிபதியான போதேந்திர சரஸ்வதி சுவாமிகளுடன் இந்தக் கோயில் நெருங்கிய தொடர்புடையது. கடவுளின் வார்த்தையைப் பரப்புவதற்காக சுவாமிகள் இந்தப் பகுதிக்கு வந்தார். அவர்கள் ஒன்றாக தங்கள் பயணத்தைத் தொடர்ந்தனர், இறைவனை வழிபடுவதே முக்தியை அடைவதற்கான சிறந்த வழி என்ற செய்தியைப் பரப்பினர். அந்த நேரத்தில், சுவாமிகள் பெரம்பூருக்கு வந்து, ஒரு உள்ளூர்வாசியின் வீட்டில் பிக்ஷை எடுத்துக் கொண்டார், அவருடைய மகன் பிறவியிலேயே ஊமையாக இருந்தார். ஊமைக் குழந்தை இறைவனின் நாமத்தை உச்சரிக்க முடியாமல் போய்விடுமோ, அதனால் அவரது புனித பாதங்களை அடைய முடியாமல் போய்விடுமோ என்று கவலைப்பட்ட சுவாமிகள், சிறுவனுடன் தனது உணவில் சிலவற்றைப் பகிர்ந்து கொண்டார். சிறிது நேரத்திலேயே, சிறுவன் பேச முடிந்தது! சுவாமிகள் அந்த இடத்தை விட்டு வெளியேறியபோது, இந்தக் கோயிலில் ஒரு தனி சன்னதியில் வைக்கப்பட்டுள்ள தனது பாதுகைகளை விட்டுச் சென்றார். இறுதியில் சுவாமிகள் கோவிந்தபுரத்தில் சமாதி அடைந்தார்.

சுப்பு சுவாமிகள் இங்கு வாழ்ந்த ஒரு பாகவதர், மேலும் இறைவனுக்கு தொடர்ந்து நாம சங்கீர்த்தனம் செய்து வந்தார். ஒரு முறை, மஹா பெரியவா (சந்திரசேகர சரஸ்வதி சுவாமிகள்) வாசனோத்சவத்தின் போது சுப்பு சுவாமிகளைச் சந்திக்க இங்கு வந்து, கூட்டத்தில் ஒளிந்து கொண்டு, பிரவசனத்தைக் கேட்கிறார்!

கோயிலின் பிரதான நுழைவாயில் மேற்கில் உள்ளது, இருப்பினும், கர்ப்பக்கிரகம் கிழக்கு நோக்கி உள்ளது. போதேந்திர சுவாமிகளின் சன்னதி மேற்கு நோக்கி உள்ளது, மேலும் பிரகாரத்தின் தெற்குப் பகுதிக்கு அருகில் அமைந்துள்ளது.

இந்தக் கோயில் ஒரு அக்ரஹாரத்தில் அமைந்துள்ளது, மேலும் சிவன் கோயிலுக்கு எதிரே வரதராஜப் பெருமாள் கோயில் உள்ளது.